在打敗了長久以來的勁敵、終極反派史萊德之後，神龜們也開始面對“成長的煩惱”了，他們不再一起戰鬥，而是開始專註於自己喜歡的領域，成了四個形單影只的“獨行俠”。這種情況讓他們的恩師斯普林特異常擔心，對於他來說，最重要的就是和四個情同兒子的家人待在一起。尤其是最近紐約市出現了一系列無法解釋的古怪事件，讓斯普林特更加眉頭緊鎖……

     原來非常富有的實業家馬克西米林安·J·威特斯培養收集了一支由古老的怪獸組成的軍隊，正在對這個世界虎視眈眈，而惟一能夠阻止他的，除了由超級神龜組成的忍者四人組，不做他想。裏奧納多·達·芬奇、米開朗基羅、多納泰羅·愛因斯坦和拉斐爾，再加上一直以來都在幫助他們的忠實老朋友、女記者愛普爾·奧尼爾和凱西·瓊斯，神龜們再一次被迫進入戰備階段。怪獸軍隊和臭名昭著的神秘忍者組織Foot Clan，他們都成了支持威特斯搞亂世界的幫兇。